Un’indagine di Mulder e Doggett rivela nuovi segreti sulla natura della gravidanza di Scully. La Zeus Genetics viene distrutta da Billy Miles, che ora è una furia inarrestabile ed è deciso a trovare Scully per impedirle di mettere al mondo suo figlio. Krycek rivela che il figlio di Scully è temuto da una fazione aliena.