William viene catturato dall’FBI mentre cerca di consegnare a Philip la fiala con il virus. Prima di essere catturato, riesce a rompere la fiala nel palmo della sua mano, infettandosi con il virus letale. In Russia, Mikhail Semenov, il figlio di Philip, viene rilasciato da un manicomio. Oleg rivela ad Arkady la sua decisione di tornare in Russia per stare accanto alla sua famiglia. Durante un meeting dell’EST, Philip confessa il suo disinteresse nei confronti del suo lavoro. Mikhail fa visita a suo nonno che gli consegna un pacco lasciatogli da sua madre e contenente diversi passaporti e banconote. Il ragazzo è deciso a ritrovare suo padre in America. Arkady viene interrogato dall’FBI che lo accusa di essere il mandante dell’omicidio di Gaad e del furto di armi biochimiche compiuto da William. Per questi motivi, è costretto a lasciare gli Stati Uniti entro 48 ore. Dopo l’arresto di William, Gabriel suggerisce a Philip ed Elizabeth di lasciare il paese e tornare in Russia. Tatiana rivela a Oleg che le è stato chiesto di prendere temporaneamente il posto di Arkady alla Rezidentura, mentre Oleg le rivela di voler tornare in Russia. In ospedale le condizioni di William peggiorano sempre più, fino a quando l’uomo non inizia a tossire sangue. Mentre viene interrogato da Stan e Dennis, rivela ai due agenti che avrebbe voluto sposarsi e avere qualche figlio “come loro”. Philip passa a prendere Paige a casa di Stan, il quale gli rivela che ha visto Matthew e Paige baciarsi. Tornando a casa, Philip ordina a Paige di non vedere più Matthew, poiché “non ha idea” della situazione in cui si sta mettendo.