Booth porta a Bones lo scheletro di una persona defunta negli anni cinquanta, ritrovata all’interno di un rifugio antiatomico. Sebbene sia l’antivigilia di Natale, la squadra si mette ad analizzare i vari reperti del caso. Mentre Zack ed Hodgins stanno tagliando con una sega elettrica le ossa al fine di analizzarle, una polvere ricca di spore di un particolare fungo si alza nell’aria, provocando la chiusura ermetica delle porte di sicurezza e decretando lo stato di quarantena. Il gruppo si trova quindi a passare il Natale chiuso in laboratorio, lontano dalla famiglia. Ed è qui che Bones, con l’aiuto dei suoi collaboratori e spinta dallo spirito natalizio di Angela, riesce a rintracciare la ex fidanzata del defunto la quale si presenterà in laboratorio la mattina di Natale. La vicenda viene chiarita, la donna ottiene le sue risposte e Bones, restata sola dopo l’azzeramento dello stato di quarantena, sconfigge i propri fantasmi del passato aprendo il regalo che le fecero i genitori poco prima della loro scomparsa.