Viene ritrovato il corpo di un bambino stuprato; Booth si rivolge agli aiutanti di Bones per cercare di fare luce sulla vicenda. Si scopre che i fratelli della vittima nonché la vittima stessa sono dei bambini adottati; la scoperta però non porta a nessun progresso, inizia così una ricerca a ritroso sugli ultimi istanti del bambino in compagnia dei fratelli. Grazie al temperamento di Bones, che si ritrova ad avere un dialogo quasi materno con il fratello minore della vittima, si viene a conoscenza del nome dell’autore dell’omicidio. Il pedofilo viene arrestato ed i due figli adottivi possono continuare a vivere con la madre.