Bones e Booth si stanno recando in tribunale, ma nell’uscire dal Jeffersonian, la sua attenzione viene catturata da una simulazione che Angela sta effettuando, utilizzando dei resti in attesa di identificazione, pratica di cui si occupa il Jeffersonian e che all’attivo conta qualche migliaio di casi. Bones ritorna sconvolta nel suo studio: il viso renderizzato è quello di sua madre. Booth parte subito ufficialmente con le ricerche, ora che sono a disposizione i resti. Questo porta alla scoperta della vera identità dei genitori di Bones, due rapinatori di banche che avevano assunto un’altra identità senza un apparente motivo; anche Bones ora dubita della sua vera identità. Le tracce portano ad una persona inserita nel programma protezione, che altri non è che un complice della banda beccato dalla polizia e che ha permesso la cattura di tutti i componenti. I rilievi sul cranio della madre di Bones portano ad identificare l’arma dell’omicidio in una chiave per gomme; ma si tratta invece di uno sparachiodi rinvenuto nell’azienda del protetto, che combacia: viene quindi arrestato, ma promette che se finirà in galera, non rivelerà nulla sul passato di Bones e dei suoi genitori. Al termine di questa convulsa giornata, dopo avere chiarito il mistero che offuscava la sparizione dei genitori di Bones e del fratello, Bones riceve una telefonata: è la voce del padre, che ordina a Bones di desistere dal cercare la verità.