Viene ritrovato un corpo completamente carbonizzato sulla tomba di un marines americano morto durante la guerra in Iraq, nel cimitero di Arlington. Si tratta di un suo compagno di squadra, che ad un primo esame sembra si sia suicidato. Bones e Booth vengono chiamati per le circostanze del caso, ma dopo un’attenta analisi, Bones scopre che il giovane è stato ucciso; si tratta quindi di un insabbiamento. Si continua a raccogliere prove e si indaga a fondo sulla vicenda che ha portato alla morte del primo marines sepolto ad Arlington; ne esce una cospirazione da parte del capitano della squadra che, sapendo che il marines era caduto a causa di fuoco amico, ha redatto i rapporti tralasciando dati importanti. Si scopre in seguito che l’autore dell’involontario omicidio ai danni del compagno durante la guerra, è stato ritrovato suicida nel suo studio; ma gli alibi reggono e manca ancora il nome dell’omicida del secondo marines. È qui che analizzando il metodo di uccisione, che rileva l’uso di un attrezzo da sala operatoria, si scopre la colpevolezza di una giovane donna, medico facente parte della squadra: non voleva che la verità fosse scoperta sull’insabbiamento, ed ha agito di conseguenza.