Angela, durante una vacanza nel deserto con il suo ragazzo, chiama Bones, sconvolta: è stato consegnato un teschio in una scatola allo sceriffo della zona, ed il suo uomo, di professione fotografo, è scomparso da qualche giorno; Angela tema che si tratti proprio delle sue ossa. Bones si precipita sul luogo, e dopo avere inutilmente cercato di mandare i resti al Jeffersonian per essere esaminati, richiede l’intervento di Booth. Dopo le verifiche del caso, si scopre che si tratta proprio delle ossa del ragazzo di Angela. Sconvolta in un primo momento, decide di partecipare attivamente alle ricerche della guida che era con lui, nel tentativo di scoprire la sua sorte. Viene alla luce un regolamento di conti per una questione di droga peyote, utilizzata dagli indiani per i loro riti religiosi. Si sospetta che dietro l’omicidio si nascondano i trafficanti, ma risulta coinvolto un ricco disegnatore di opere di artigianato locale, che messo alle strette da Booth cerca un patto per uscire dalla situazione, svelando i nomi dei trafficanti. Booth non vuole scendere a patti, e sarà proprio Angela con una specie di visione, alla ricerca di indizi nel deserto, a scovare il luogo dove si trova la guida ormai quasi esamine; i trafficanti vengono arrestati insieme all’artigiano, che vuota il sacco sulle proprie responsabilità riguardanti l’omicidio.