May, grazie ad una manovra dell’ultimo minuto, riesce a salvare l’aereo dai missili lanciati dall’HYDRA e si dirige a San Juan per ricongiungere il suo gruppo a quello di Coulson ed organizzare la controffensiva. Contemporaneamente Ward conduce Skye a cospetto di suo padre, che le si presenta come Cal e le rivela la verità dietro ai suoi natali: quando lavorava in una clinica nell’Hunan si innamorò della sua interprete di cinese (dotata di invecchiamento rallentato) ed ebbe da lei una figlia; l’HYDRA però rapì la donna per effettuare su di lei degli esperimenti e Cal andò alla sua ricerca ritrovandone il cadavere vivisezionato: l’impeto di rabbia che ne conseguì portò l’uomo a distruggere un intero villaggio perdendo di vista la neonata, che venne portata negli Stati Uniti dallo S.H.I.E.L.D.; l’intento dell’uomo è ora di vendicarsi di colui che gli ha rovinato la vita, Whitehall, il quale irrompe poco dopo nella stanza, stordisce Cal e rivela di voler vivisezionare Skye per scoprire il suo potere. Coulson, May, Bobbi e Hunter fanno irruzione nel covo dell’HYDRA a San Juan dando inizio ad una sparatoria; nel frattempo Cal si riprende e si reca da Whitehall per vendicarsi ma quando lo trova questi viene ucciso da Coulson. Furibondo, il dottore affronta il direttore dello S.H.I.E.L.D. in un serrato combattimento corpo a corpo mentre Ward si slega e libera Skye, la quale lo ferisce a tradimento e interrompe il combattimento tra Cal e Coulson intimando al padre di andarsene; l’uomo obbedisce a malincuore, non prima tuttavia di averle rivelato il suo vero nome: Daisy. Scossa da tutti i problemi che ha provocato, la ragazza decide di andare almeno a recuperare l’Obelisco, che nella confusione è stato rubato da Raina, direttasi verso il tempio della città Kree. Entrambe le ragazze arrivano al fatidico luogo guidate da Mack, sotto controllo mentale. Nel tempio Raina posiziona l’Obelisco su una pedana e le pareti della stanza cominciano a chiudersi intorno a loro; Coulson e Trip cercano di raggiungerle, ma solo quest’ultimo riesce a entrare nella stanza, l’Obelisco si apre rivelando al suo interno dei cristalli che rilasciano una misteriosa nebbia: Skye e Raina si cristallizzano in uno strano bozzolo, mentre Trip viene pietrificato dalle schegge dell’oggetto nel tentativo di distruggerlo. Emersa dal bozzolo dopo pochi secondi, Skye osserva con orrore quanto accaduto all’amico e genera un terremoto.